Obsahem bilaterálního projektu je provedení ekologického hodnocení společného česko-rakouského hraničního úseku toku řeky Dyje podle pravidel a postupu implementace WFD v jednotlivých zemích. Budou shromážděny veškeré dostupné poznatky o metodách a výsledcích, které jsou potřebné pro hodnocení jednotlivých biologických, hydromorfologických, fyzikálně-chemických a chemických složek ekosystému ve vymezeném území a následně bude realizováno doplňující měření. S rakouskou stranou budou konzultovány významné přeshraniční vlivy na obou stranách. Na základě provedeného hodnocení analyzovaných složek bude vypracován návrh doporučení a opatření pro ochranu či zlepšení zjištěného ekologického stavu vymezených vodních útvarů. Významnou součástí projektu bude spolupráce s veřejností, která bude zajišťována pořádáním odborných seminářů a přednášek a vydáním popularizujících publikací pro informování místního obyvatelstva. Česká republika i Rakousko mají prostřednictvím zastoupených organizací velký zájem na společném řešení tohoto projektu, syntéze všech dosavadních poznatků a formulování cílů pro hraniční tok Dyje. Vedle nabytí zkušeností národních pracovních skupin se zaváděním WFD se zrealizuje i příprava na zintenzivnění spolupráce odborníků obou zemí v budoucnu a vzájemnou informovanost.